Budynek, który dzisiaj jest świątynią  pw. św. Jana Kantego pierwotnie był stodołą. Tak było przed II wojna światową i taki stan trwał przez wiele lat po jej zakończeniu. Dorośli  parafianie, pamiętają dziecięce zabawy na sianie i słomie w obecnej świątyni. Z czasem stodoła stała się budynkiem gospodarczym Wojewódzkiego Szpitala Zespolonego w Słupsku – trzymano tu różne nieużyteczne urządzenia medyczne.

W roku 1990 budynek (stodoła) został nieodpłatnie przekazany ogromnej obszarowo parafii Najświętszego Serca Pana Jezusa, aby służył dla celów sakralnych. Ówczesny proboszcz, ks. Jan Wszołek, przy zaangażowaniu wiernych osiedla, uporządkował część budynku i przygotował do odprawiania Mszy św. w niedzielę o godz. 10.00. Budynek poświęcił – 28 października 1990 r. –ówczesny ordynariusz Diecezji Koszalińsko – Kołobrzeskiej, biskup Ignacy Jeż. Po roku działalności, 1 września 1991 r., została erygowana parafia pw. św. Jana z Kęt - patrona profesorów i studentów. Na terenie nowej parafii znajdowała się bowiem uczelnia  – Wyższa Szkoła Pedagogiczna w Słupsku ( dziś Akademia Pomorska). Na mocy dekretu księdza biskupa Ignacego Jeża został mianowany proboszcz nowej parafii, ks. Antoni Tofil, dotychczasowy wikariusz parafii Najświętszego Serca Pana Jezusa. To on – miał wówczas 6 lat kapłaństwa - rozpoczął tworzenie całej struktury parafialnej. Budynek stodoły został zaadoptowany na część kościoła (świątyni) i część plebanijno - katechetyczną. Architektami tej adaptacji byli państwo Danuta i Jerzy Skołysz oraz  pan Krzysztof  Pejas. Pierwszy chrzest miał miejsce  22 września 1991 r., a pierwszy ślub 14 września 1991 r. Parafia zasłynęła w Słupsku, w mieście mającym około 100 tysięcy mieszkańców, przepięknymi dekoracjami świątecznymi. Wielu mieszkańców miasta przybywało, by obejrzeć bożonarodzeniową szopkę w kościele, w którym wszędzie było rozsypane siano i słoma. Aby zdobyć pieniądze na remont budynku i by zintegrować młodą wspólnotę  rozpoczęto parafialne pikniki. Pierwszy odbył się 6 czerwca 1996 r., na tak zwanym placu węglowym. Integracji służyły piesze pielgrzymki do Częstochowy, wyjazdy na spotkania Taize, bale charytatywne. Te i inne działania księdza proboszcza i zaangażowanych parafian – szczególnie członków Caritas - sprawiły, że młoda parafia stała się słynna w mieście i okolicy. Mówiło się o niej :  "Przyjazna ludziom". W pracę  parafii dzielnie angażowali się księża wikariusze, od 1992 r. jeden, a od 2005 r. dwóch.